Las modificaciones epigenéticas son reversibles reordenamientos de la cromatina en las células normales que modulan la expresión de genes, sin cambiar la secuencia de ADN. Las alteraciones de este equilibrio, que afectan principalmente a los mecanismos de la metilación del ADN, hipermetilación, acetilación de histonas, son frecuentemente implicadas en la génesis del cáncer.
En el cáncer gástrico, la infección por Helicobacter pylori (H. pylori) es una causa de la acumulación de la metilación en la mucosa aparentemente normal. Además la infección por el virus de Epstein-Barr es otro inductor de metilación, que conduce a cáncer gástrico
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Un error en la traducción del gen CDH1 causa una mutación en el mismo, impidiendo la codificación para la adhesión celular mediada por la proteína cadherina E.En situaciones normales la cadherina E evita la metástasis al mantener juntas las células, pero en esta situación excepcional se convierte en un oncogén. Por otro lado el gen p53 activa la transcripción de la familia de microARNs mir34, pequeñas moléculas de ARN que impiden la traducción de ARN mensajeros específicos, importantes para inducir la detención ciclo celular y apoptosis, y cruciales en la respuesta de p53
